La Dirección de Posgrado de la ESCiMar tiene a su cargo el tratamiento de todos los temas relacionados con las actividades y carreras de posgrado en el ámbito de la unidad académica y su relación con el Consejo de Posgrado de la Universidad Nacional del Comahue, del cual, el Director de Posgrado de la ESCImar es miembro integrante. La Dirección cuenta con el asesoramiento de una Comisión de Posgrado, integrada por docentes-investigadores designados al efecto por el CD de la ESCiMar.
Entre las tareas mas frecuentes de la Dirección se destacan, entre otras, el análisis de las propuestas de las diversas actividades de posgrado (ej. cursos), para los cuales se verifica que cumplan con los estándares de calidad académica y se ajusten a la normativa vigente, a los fines de proponer su aval por parte del CD. Desde febrero de 2019, y con la asistencia de la Comisión de Posgrado, la Dirección se encuentra trabajando en un plan de oferta académica de posgrado, que en una primera etapa incluye el diseño y planificación de una carrera de Doctorado en Ciencias Marinas, el cual se espera implementar a partir de 2020/2021.